Has Oda'da bulunan Mukaddes Emanetler Dairesi, Yavuz Sultan Selim’in Halife olduğu 16. yüzyıldan 19. yüzyıl sonlarına kadar Osmanlı Padişahlarına çeşitli tarihlerde gönderilen dinî eserlerden oluşmaktadır. Yavuz Sultan Selim'in Mısır'ı fethi (1517) ile Hilafet, Abbasilerden Osmanlı padişahlarına geçmiştir ve bu olayın ardından, son Abbasi Halifesi III. Mütevekkil'de bulunan, Hz. Peygamber'in Hırkası (Hırka-i Saadet) Yavuz Sultan Selim'e verilmiştir. Kutsal emanetlerin İstanbul’a gönderilmesi, daha sonra da devam etmiştir. Özellikle Vehhabi'lerin kutsal mekân ve eşyalara saldırılarının arttığı dönemlerde kutsal emanetler, daha iyi korunabilmeleri amacıyla peyderpey Mukaddes Emanetler Dairesi'ne gönderilmiştir. Bunun yanı sıra, I. Dünya Savaşı sırasında da, Medine'deki kutsal emanetler yine aynı amaçla Topkapı Sarayı'na gönderilmiştir.
16. yüzyıldan 20. yüzyılın ilk yarısına kadar toplanan mukaddes emanetlerin en önemlileri arasında Hz. Muhammed’in hırkası, sakalı, Uhud Savaşı'nda kırılan dişinin saklandığı mahfaza, ayak izleri, mektupları, oku ve kılıcı yer almaktadır. Diğer peygamberlere ve ashabına ait emanetlerin arasında ise Hz. İbrahim'in tenceresi, Hz. Musa'nın asası, Hz.Davud'un kılıcı, Hz. Yusuf'un cübbesi, ashaba ait kılıçlar ile Hz. Fatma'ya ait gömlek, hırka, seccade ve sandık bulunmaktadır.
